南禅寺金地院は崇伝が南禅寺住持の時、住まいした塔頭である。僧侶としてではなく非常に優秀なブレーンとして役割を担い、徳川家康から、その能力に対する信頼は厚く受け入れられ、のちのキリスト教の禁止や、寺院諸法度・武家諸法度・禁中並公家諸法度等の制定に大きな手腕を発揮した。法整備をはじめ徳川幕府の繁栄の礎を担っただけでなく、当代一の識者と称えられ三代将軍・徳川家光の諱の選定、元服の日取りも崇伝が行った。江戸幕府のすべての法律制定に関わる優れた学僧として、その権勢は大いに高まっていった。しかし紫衣事件において朝廷の権威を喪失させるなど目的達成の為には強引とも思える政治手法もあり、世人から「黒衣の宰相」と揶揄された。この一件では沢庵和尚に「天魔外道」と評されるほどだった。しかし、崇伝自身は「幕府の安定こそが世の中の安定」と第一に考え平和を長続きさせることに注力し、南禅寺の事は二の次に置いた。家康没後の「神号一件」では、東照大権現を主張した天海に敗れ、そのときの応対に将軍秀忠の不興を買い、一時失脚させられた。しかし、のちに幕閣の取りなしにより許され十万石の格式そして御三家につぐ席次と江戸城内北の丸に約2000坪の屋敷を拝領という破格の待遇を受け復活した。死後、一人で担っていた権能は幕閣に分割され、寺社関係は寺社奉行を新設、外交関係は老中、長崎奉行が管掌、文教外交関係は林家が引き継いだ。